Hele østveggen i tunet fylles av fjøset. Fjøset har trev med kjørebu som vender mot nord. Fjøset er bygd av stein og er et typisk steinfjøs som var nokså vanlig fra litt utpå 1800-tallet.
På 1800-tallet ble det anbefalt å bygge steinfjøs, bedre holdbarhet og bedre for dyra. Dessuten skulle trevirket brukes til andre formål. Ikke minst gikk det mye til drift av de mange smeltehyttene i distriktet.
På nedenstående bilde fra 1878 ser det ut til at hele fjøset er bygget i tømmer.
Initialer og årstall
Første årstallet er 1821 og initialene BEES KID, som må være brukerne Embret (Engebret) Eriksen og Kari Jonsdatter, de samme som i 1829 bygde Østerdalsstua/Barfrøstua, ifølge konservator Per Hvamstad.
Han spørs seg hvorfor står det BEES? Betyr B’n bygget av? For neste initialer er RIES og MED og årstallet er 1848. Da heter eierne Jon Embretsen og Marit Eriksdatter, og R’n betyr kanskje reparert.
Hvamstad konkluderer med at fjøset må være bygd i 1821 og reparert en snau mannsalder senere i 1848.
Men det er også usikkerhet om når overbygget ble oppført. Det vanlige var at det bare var et lavt overbygg til å begynne med. Trevklopp og kjøring for hest kom først seinere. Men bøndene på Neby var nok tidlig ute. På tunbildet fra 1880-åra (Tynset bygdebok, bind III) er alt på plass.
Tidligere hadde fjøset torvtak. Etter en ombygging ble, i følge hovedoppgaven til Tone Waagan i oktober 2009, taket for bratt til å legge torv på, og det ble derfor tekket med bølgeblikk.
Brønn i fjøset
Bortistu Neby hadde opprinnelig tre brønner. En i enden av stallen, en midt på gården som fungerte som drikkevann og en inne i fjøset.
Brønnvannet i fjøset var svært bløtt i motsetning til vannet fra brønnen ute. Brønnvannet i fjøset kunne ikke brukes som drikkevann. Fjøsbrønnen var svært dyp.
I Magnes oppvekst var det montert ei pumpe i brønnen. Den pumpet vann opp i trerør som var montert langs veggene i fjøset og videre til drikkekoppene til kyrne. De var tidlig ute med "vanningsanlegg" på gården.
Restaurert
Natt til torsdag 30. august 2012 raste fjøsveggen på Bortistu Neby ut.
I 2013 ble det gjennomført restaureringsarbeider på fjøset. Ytre fjøsmur mot sør ble tatt ned og satt opp igjen, i tillegg til at det ble gjort enkelte forsterkninger av selve trekonstruksjonen. Rørosmuseet bidro til dette.
Stiftelsen Bortistu Neby fikk innvilget økonomisk støtte til dette prosjektet fra Tynset kommune med 100.000 kroner, Hedmark fylkeskommune, Sparebanken Hedmark, Norsk kulturminnefond og Stiftelsen UNI bidro også med midler.